Det börjar som en helt vanlig dag för Tom och Jerry...tills de stöter ihop med de unga spionerna Jonny Quest, Hadji och Bandit. Dr. Zin skickar iväg sin onda kattarmé för att kidnappa Dr. Benton Quest och hans livvakt samt stjäla deras manick som ska rädda världen. Jonny och hans lurviga vänner ger sig ut på en en actionfylld jakt för att hitta hans far och rädda planeten.